Vào tháng 5 năm 1999, hãng Nauticos Corporation phối hợp cùng với Hải quân Mỹ đã phát hiện một số mảnh tàu đắm của Kaga.[131] Họ sử dụng chiếc tàu nghiên cứu RV Melville trong đợt khảo sát một khu vực tập trận hạm đội cùng với một hệ thống vẽ bản đồ bằng siêu âm SAEMAP vừa mới được cải tiến của Hải quân Mỹ. Một cuộc thăm dò tiếp theo do chiếc USNS Sumner (T-AGS-61) tiến hành vào tháng 9 năm 1999 đã tìm thấy địa điểm đắm tàu và được chụp ảnh.[132] Các mảnh vở thuộc xác tàu đắm của Kaga bao gồm một đoạn vách ngăn hầm chứa máy bay dài 50 ft (15 m), hai nòng pháo cao xạ 25 mm và một đèn dẫn đường hạ cánh. Các hiện vật này nằm ở độ sâu 17.000 foot (5.200 m) dưới đáy biển.[133]